Borg został następcą maltańskiego komisarza ds. zdrowia Johna Dallego, który podał się do dymisji w następstwie antykorupcyjnego dochodzenia unijnego urzędu ds. walki z nadużyciami OLAF w związku ze skargą firmy tytoniowej. Dalli utrzymuje, że jest niewinny.
Kandydaturę Borga wspierała chadecja, największa frakcja w PE. Zieloni, liberałowie i część lewicy zapowiadali głosowanie przeciw, ponieważ w przeszłości Borg miał się sprzeciwiać aborcji i równouprawnieniu osób homoseksualnych.
Borg, który jest katolikiem, w przeszłości lobbował przeciwko aborcji na Malcie, a w 2009 roku podczas debaty w maltańskim parlamencie miał powiedzieć, że pary homoseksualne nie powinny ubiegać się o mieszkania socjalne.
13 listopada Borg brał udział w przesłuchaniu w PE z udziałem 50 eurodeputowanych z komisji ds. środowiska, zdrowia i bezpieczeństwa żywności. Podkreślił wówczas, że sprawą priorytetową jest dla niego reforma dyrektywy o produktach tytoniowych i że propozycję w tej sprawie przedstawi w styczniu 2013 r. Poparł też wprowadzenie tzw. plain packaging (ujednoliconych opakowań papierosów m.in. bez logo producenta) pod warunkiem, że każde państwo członkowskie miałoby w tej kwestii wolny wybór.
Borg zapowiedział też, że do czerwca 2013 r. KE przedstawi nową propozycję w sprawie zakazu klonowania zwierząt. Podkreślił, że w tej sprawie nie będzie "niewolniczo" wykonywać poleceń unijnej agencji ds. bezpieczeństwa żywności, ale też nie będzie ich ignorować.
Wyraził ponadto poparcie dla forsowanej przez komisarz ds. sprawiedliwości Viviane Reding inicjatywy ws. obowiązkowych kwot dla kobiet w radach nadzorczych spółek giełdowych.
Choć wystąpienie Borga w PE zostało pozytywnie odebrane, część europosłów nadal wyrażała wątpliwości, co wywołało niepokój Komisji Europejskiej. Jej szef Jose Barroso w liście z 18 listopada do przewodniczącego Parlamentu Europejskiego Martina Schulza podkreślał, że leży we wspólnym interesie PE i KE, by nie tracić więcej czasu w tej sprawie oraz że Borg w pełni kwalifikuje się na stanowisko komisarza.
