GUS działa w oparciu o ustawę o statystyce publicznej oraz ogłaszany corocznie Program Badań Statystycznych.
Na czele Głównego Urzędu Statystycznego stoi Prezes, któremu podlega 16 urzędów statystycznych znajdujących się w miastach wojewódzkich. Prezes GUS wybierany jest na 5-letnią kadencję i sprawuje tę funkcję w randze ministra podlegającego Prezesowi Rady Ministrów. Prezesa Głównego Urzędu Statystycznego powołuje i odwołuje Prezes Rady Ministrów spośród osób należących do Państwowego Zasobu Kadrowego.
Prezes GUS prowadzi centralne rejestry takie jak np:
- Krajowy Rejestr Urzędowy Podmiotów Gospodarki Narodowej (REGON)
- Krajowy Rejestr Urzędowy Podziału Terytorialnego Kraju (TERYT).