Organ kontroli może, po pisemnym zawiadomieniu przedsiębiorcy, przerwać kontrolę na czas niezbędny do przeprowadzenia badań próbki produktu lub próbki kontrolnej, jeżeli jedyną czynnością kontrolną po otrzymaniu wyniku badania próbki będzie sporządzenie protokołu kontroli. Czasu przerwy nie wlicza się do dozwolonego czasu trwania kontroli, o ile podczas przerwy przedsiębiorca miał możliwość wykonywania działalności gospodarczej oraz miał nieograniczony dostęp do prowadzonej przez siebie dokumentacji i posiadanych rzeczy, z wyjątkiem zabezpieczonej w celu kontroli próbki.
W omawianej sytuacji doręczenie przedsiębiorcy protokołu kontroli nie wymaga ponownego wszczęcia kontroli, a dnia, w którym doręczono przedsiębiorcy protokół kontroli, nie wlicza się do czasu trwania kontroli. Dopuszcza się doręczenie protokołu kontroli w trakcie trwania kontroli innego organu. Warto dodać, że uzasadnienie czasu trwania przerwy organ kontroli obowiązany jest wpisać do książki kontroli przedsiębiorcy. Poza tym przerwa na zbadanie pobranej próbki towaru nie stanowi przeszkody do przeprowadzenia w czasie jej trwania kontroli przez inny organ kontroli.