AMLA będzie posiadać zarząd główny, złożony z przedstawicieli organów nadzoru i jednostek analityki finansowej ze wszystkich państw członkowskich oraz organ zarządzający. Agencja ma zatrudniać docelowo 400 pracowników.

AMLA będzie miała uprawnienia pośrednie i bezpośrednie przy nakładaniu sankcji. Działalność rozpocznie w połowie 2025 roku.

Zgodnie z porozumieniem zawartym przez Parlament i Radę, AMLA będzie upoważniona do bezpośredniego nadzorowania niektórych rodzajów instytucji kredytowych i finansowych, w tym dostawców usług w zakresie kryptowalut, jeśli zostaną one zidentyfikowane jako obarczone wysokim ryzykiem lub prowadzące działalność transgraniczną.