"Będzie to najbardziej reprezentatywne badanie w skali całego kraju. Wyniki badań przeprowadzonych w Gyncentrum stanowić będą cenne źródło wiedzy na temat przebiegu, charakteru i dynamiki zakażeń wirusem SARS-CoV-2 na terenie Śląska. Zasilą także międzynarodowe bazy danych, takie jak GISAID, Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH), ELIXIR, czy Europejskie Archiwum Nukleotydów (ENA), które monitorują występowanie różnych wariantów genetycznych wirusa SARS-CoV-2 i grypy na świecie” – powiedziała we wtorek koordynatorka projektu, diagnosta laboratoryjny Emilia Morawiec z Laboratorium Genetycznego Gyncentrum.
Marszałek województwa śląskiego Jakub Chełstowski wiąże duże nadzieje z tym projektem. Przypomniał, że w regionie odnotowano bardzo liczne zachorowania na COVID-19. "Z całą pewnością wynika to z dużej liczby przeprowadzonych testów i charakterystyki zaludnienia terenu. Projekt badawczy realizowany przez Gyncentrum z międzynarodowym rozmachem to zatem duża szansa dla naszego regionu, aby dowiedzieć się więcej na ten temat. Na podstawie wyników prowadzonych badań będziemy w stanie nie tylko oszacować przebieg pandemii na terenie województwa śląskiego, ale również dostosować schemat terapii do specyfiki zakażeń w populacji śląskiej" – podkreślił marszałek Chełstowski.
Przedsięwzięcie otrzymało wsparcie samorządu województwa - laboratorium otrzyma z funduszy unijnych 2,5 ml zł zakup sprzętu oraz adaptację pomieszczeń. Po podpisaniu aneksu do umowy o dofinansowanie całkowita wartość projektu to ponad 5,2 mln zł.
Choć wirus SARS-CoV-2 mutuje wolniej niż inne wirusy, np. grypy, to - jak pokazują ostatnie wydarzenia w Wielkiej Brytanii - pojawianie się jego nowych odmian jest nieuniknione. Prawdopodobieństwo wykrycia jego różnych wariantów jest szczególnie wysokie w tak różnorodnej i dużej grupie, jaką są mieszkańcy woj. śląskiego. Dlatego tak ważne jest sekwencjonowanie genomu koronawirusa, czyli ustalanie kolejności nukleotydów w łańcuchach kwasów nukleinowych oraz aminokwasów w polipeptydach.
Uzyskane dane umożliwią identyfikację ewentualnych nowopowstałych genotypów wirusa SARS-CoV-2 w populacji województwa śląskiego oraz ustalenie przebiegu COVID-19 na badanym terenie. Z próbek wymazowych, pobranych od pacjentów z rozpoznanym COVID-19, eksperci Gyncentrum wyizolują, a następnie szczegółowo przeanalizują genom wirusa SARS-CoV-2. Pozwoli to określić liczbę wariantów genetycznych wirusa oraz ocenić stopień jego zmienności w badanej populacji.
"Zbadamy dokładną sekwencję, czyli budowę - cegiełka po cegiełce, nukleotyd po nukleotydzie, materiału genetycznego wirusa SARS-CoV-2. Poznanie tych sekwencji, być może różnych, bo izolowanych od pacjentów z różnych obszarów województwa śląskiego z dodatnim wynikiem, pozwoli porównać sekwencję wyizolowanego od nich wirusa, z sekwencją referencyjną, czyli wyjściową. W zależności od ilości i rozległości zmian w tej budowie będziemy mogli wnioskować, skąd dotarły na teren Śląska różne warianty wirusa, a także, w jaki sposób oraz z jakimi sekwencjami się wymieszały" - tłumaczy diagnosta laboratoryjny Adam Pudełko z Laboratorium Genetycznego Gyncentrum.
Określenie wariantów genetycznych SARS-CoV-2 dla populacji Śląska umożliwi również w dalszych etapach ocenę skuteczności dostępnych na rynku szczepionek przeciw SARS-CoV-2 dla danej odmiany wirusa. "Na podstawie oceny sekwencji wirusa możemy wnioskować, czy odnotowana mutacja może mieć pośredni wpływ na powodzenie szczepienia w badanej grupie. Ponadto będzie to cenna wiedza w zakresie oceny tempa pojawiania się nowych wariantów wirusa, być może warunkująca modyfikację zaproponowanych szczepionek przeciwko SARS-CoV-2" - wskazała Emilia Morawiec.
Projekt zakłada również sekwencjonowanie współwystępujących w badanym materiale, około 40 innych patogenów wywołujących zakażenia układu oddechowego, w tym wirusów grypy A i B wraz z ich wariantami, ludzkich koronawirusów, adenowirusów, rinowirusów, wirusów paragrypy czy RSV.
"Zakładamy, że w okresie wiosennym pojawią się sezonowe wirusy np. grypy, którymi mogą zakazić się pacjenci covidowi. To znaczy, że w ich organizmie, oprócz SARS-CoV-2, może być obecny w tym samym czasie inny wirus lub nawet wirusy. Prowadzone analizy dadzą nam odpowiedź na pytanie, czy i jaki wpływ na przebieg COVID-19 mają towarzyszące infekcje wirusowe tzw. koinfekcje. Sekwencjonowanie innych wirusów, występujących w materiale pacjenta, będzie stanowić także cenną informację kliniczną dla medyków, dając im możliwość szerszego spojrzenia na toczącą się w organizmie pacjenta infekcję" – powiedział Adam Pudełko.
Docelowo badania mają przynieść odpowiedź na pytanie, jak wyglądają parametry kliniczne i wyniki badań pacjenta w zależności od wariantu SARS-CoV-2, jakim się zakaził, oraz czy przebieg infekcji jest zależny od występowania ewentualnych innych wirusów u tego pacjenta. Przy współpracy z klinicystami efektem badań może być ustalenie algorytmu, pozwalającego leczyć pacjentów szybciej i bardziej wydajnie, w zależności od wariantu wirusa, czy identyfikacji ewentualnej współistniejącej z COVID-19 infekcji. (