Nowa ustawa o obligacjach wprowadza do polskiego systemu prawa nowość w postaci zgromadzenia obligatariuszy. Jest to użyteczne narzędzie umożliwiające zmianę warunków emisji obligacji, a więc zmianę treści długu z obligacji. Zgromadzenie obligatariuszy jest uprawnione do podejmowania uchwał, których przedmiotem jest modyfikacja przede wszystkim tzw. „postanowień kwalifikowanych warunków emisji”, o czym więcej w artykule Wojciecha Chabasiewicza:

Zgromadzenie obligatariuszy będzie funkcjonować wyłącznie, gdy emitent przewidzi jego istnienie w warunkach emisji obligacji. Zgromadzenie stanowi reprezentację ogółu obligatariuszy uprawnionych z obligacji danej serii. Emitent, który wyemitował kilka serii obligacji, będzie zwoływał zgromadzenia obligatariuszy odrębnie dla każdej z nich. Zasady zwoływania i funkcjonowania zgromadzenia obligatariuszy zostały ukształtowane na wzór regulacji dotyczących walnego zgromadzenia w spółce akcyjnej.

Zasadą jest, że zgromadzenie zwołuje emitent. Wyjątkowo, jeśli emitent tego nie uczyni, może ono zostać zwołane przez obligatariuszy, po uprzednim uzyskaniu upoważnienia sądu rejestrowego. W każdym przypadku koszty zwołania i przeprowadzenia zgromadzenia ponosi emitent. 

Prawo do uczestnictwa w zgromadzeniu mają obligatariusze, którzy co najmniej na 7 dni przed terminem zgromadzenia złożą emitentowi dokument obligacji, zaświadczenie z ewidencji lub świadectwo depozytowe. Obligatariusze mogą uczestniczyć w zgromadzeniu osobiście lub przez pełnomocnika.

Zgromadzenie obligatariuszy jest ważne, gdy jest na nim reprezentowana co najmniej połowa łącznej wartości nominalnej obligacji danej serii, do której nie wlicza się jednak obligacji posiadanych przez podmioty wchodzące w skład grupy kapitałowej emitenta oraz obligacji umorzonych. To wyłączenie ma istotne znaczenie praktyczne, gdyż oznacza, że w najistotniejszych dla obligatariuszy kwestiach jak np. wysokość oprocentowania, głos podmiotów powiązanych z emitentem, nie będzie brany pod uwagę. Eliminuje to pole do nadużyć.
Zasadą jest, że uchwały zgromadzenia obligatariuszy zapadają większością ¾ głosów. W przypadku obligacji będących w obrocie na rynku regulowanym lub wprowadzonych do alternatywnego systemu obrotu, zmiana warunków emisji wymaga jednak zgody wszystkich obecnych na zgromadzeniu obligatariuszy. Zaostrzenie wymogu dla obligacji uczestniczących w obrocie giełdowym, może skutecznie uniemożliwić zmianę warunków emisji przez zgromadzenie obligatariuszy.

Uchwały zgromadzenia obligatariuszy mogą być kwestionowane. Na wzór rozwiązań z KSH, nowa ustawa o obligacjach przyznaje obligatariuszowi prawo do żądania stwierdzenia nieważności uchwały lub jej uchylenia. Sprzeczność uchwały z ustawą daje prawo do stwierdzenia jej nieważności. Natomiast z żądaniem uchylenia uchwały można wystąpić, gdy rażąco narusza ona interesy obligatariuszy lub jest sprzeczna z dobrymi obyczajami.

Ustanowienie zgromadzenia obligatariuszy daje emitentowi i obligatariuszom nową możliwość modyfikacji warunki emisji obligacji. Już choćby z tego powodu tą zmianę należy ocenić pozytywnie. Warto jednak pamiętać, iż wbrew nazwie, która przywodzi na myśl walne zgromadzenie spółki akcyjnej, nie stanowi ono narzędzia dla przeprowadzania zmian samodzielnie przez obligatariuszy. Uchwała Zgromadzenia nie powoduje automatycznej zmiany warunków emisji, zmiana dochodzi do skutku, jeżeli wyrazi na nią zgodę emitent. To istotna różnica w porównaniu do walnego zgromadzenia akcjonariuszy, które ma możliwość samodzielnego podejmowania najistotniejszych decyzji w spółce.