Przedłużenie czasu trwania kontroli jest możliwe jedynie z przyczyn niezależnych od organu kontroli i wymaga uzasadnienia na piśmie. Uzasadnienie doręcza się przedsiębiorcy i wpisuje do książki kontroli przed podjęciem dalszych czynności. Przedłużenie czasu trwania kontroli nie może naruszać ustalonych dla danego rodzaju przedsiębiorcy terminów. Może nastąpić także wówczas, gdy w toku kontroli zostanie ujawnione zaniżenie zobowiązania podatkowego lub zawyżenie straty w wysokości przekraczającej równowartość 10 proc. kwoty zadeklarowanego zobowiązania podatkowego lub straty albo w przypadku ujawnienia faktu niezłożenia deklaracji mimo takiego obowiązku.