Nowelizację prawa skarżyła Krajowa Rada Sądownictwa. Jej zdaniem projekt ustawy został uchwalony z naruszeniem procedury legislacyjnej. Wszystko dlatego, że był rozpatrzony w pierwszym czytaniu nie na forum Sejmu a na posiedzeniu komisji sprawiedliwości. Tego zarzutu nie podzielił Trybunał. Jak argumentował sędzia Stanisław Biernat, chociaż regulamin sejmowy został naruszony, to nie wpłynęło to negatywnie na dalsze prace nad projektem. Sędzia Biernat podkreślił, że prace pomiędzy pierwszym, a drugim czytaniem projektu trwały pół roku, w tym czasie jak zaznaczył odbyły się cztery posiedzenia komisji, przesłuchania publiczne i prace w podkomisjach.
Trybunał nie zgodził się również, że przeniesienie wszystkich spraw administracyjnych w sądach z prezesów na dyrektorów, naruszyło równowagę pomiędzy władzą wykonawczą i sądowniczą. Stanisław Biernat zaznaczył, że obowiązki dyrektorów mają charakter administracyjno-techniczny i nie wkraczają w sferę sprawowania wymiaru sprawiedliwości.
Jako niezgodne z Konstytucją Trybunał uznał niektóre ze szczegółowych przepisów regulujących relacje między ministrem sprawiedliwości a prezesami i dyrektorami sądów. Chodzi m.in. o odwoływanie przez ministra dyrektorów. Zdaniem Trybunału kontrola prezesa sądu i samorządu sędziowskiego nad działalnością dyrektora sądu jest niewystarczająca wobec swobody decyzyjnej ministra.
Wejście w życie wyroku TK odroczył o 18 miesięcy. Trybunał rozpoznawał sprawę w pełnym składzie. 8 sędziów zgłosiło zdanie odrębne.
