Podatku od towarów i usług nie zalicza się, co do zasady, do kosztów uzyskania przychodów. Wskazuje na to art. 23 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Jednak w niektórych sytuacjach do kosztów uzyskania przychodów można zaliczyć podatek naliczony.
Po pierwsze, jest tak wówczas, gdy podatnik zwolniony jest z VAT lub nabył towary i usługi w celu wytworzenia bądź odsprzedaży towarów albo świadczenia usług zwolnionych z podatku od towarów i usług. Po drugie, do kosztów można zaliczyć podatek naliczony w tej części, w której zgodnie z przepisami o VAT podatnikowi nie przysługuje obniżenie kwoty lub zwrot różnicy VAT, jeśli naliczony podatek nie powiększa wartości środka trwałego lub wartości niematerialnej i prawnej. Zatem w opisanej sytuacji przedsiębiorca będzie mógł zaliczyć podatek naliczony do kosztów uzyskania przychodów.