Na jego decyzje dotyczące unijnych dotacji czeka cały sektor rolniczy. Bo miliardy złotych wypłacanych przez ARiMR docelowo mają pomóc w rozwijaniu polskich wsi oraz wspieraniu mikroprzedsiębiorstw.
Obejmując kierownictwo agencji w 2009 r., Kołodziej miał zaledwie 36 lat. Zastąpił na tym stanowisku Dariusza Wojtasika, który zrezygnował zaledwie po roku urzędowania. Mimo to magister ekonomii bez kompleksów podjął się próby uporządkowania sytuacji w agencji, często podejmując niepopularne decyzje.
W październiku ubiegłego roku do minister ds. walki z korupcją Julii Pitery trafił anonim, w którym rzekomi pracownicy agencji zarzucali Tomaszowi Kołodziejowi, że z instytucji w niekontrolowany sposób wypływają setki tysięcy złotych. Na zdecydowaną odpowiedź Kołodzieja nie trzeba było długo czekać. – Odnoszę wrażenie, że porządkując pracę agencji, usprawniając jej działanie, naruszyłem pewne interesy osób, które podejmują kroki zmierzające do destabilizacji sytuacji w kierowanej przeze mnie instytucji – stwierdził szef ARiMR. Kontrola nie ujawniła nieprawidłowości.
Polityka przyjęta przez Tomasza Kołodzieja najwyraźniej się sprawdza. W 2011 r. ARiMR przekazała 25,5 mld zł beneficjentom – jeszcze nigdy agencja nie wypłaciła tak dużej kwoty w ciągu jednego roku. Kolejny rekord został w zeszłym roku pobity w przypadku realizacji wypłat z Programu Rozwoju Obszarów Wiejskich 2007 – 2013 – na konta rolników i przedsiębiorców sektora przetwórczego trafiło blisko 10 mld zł. W efekcie Polska zakontraktowała już ponad 90 proc. budżetu PROW w obecnie trwającej perspektywie finansowej UE, czyli ok. 75 mld zł.