W grudniu 2004 r. Lotos rozpoczął konsolidację rafinerii Glimar. W tym celu utworzona została m.in. osobna spółka pod znakiem Lotosu, Lotos Hydrokompleks, która miała zająć się dokończeniem budowy oraz eksploatacją instalacji hydrokompleksu w rafinerii Glimar. W 2005 r. Sąd Rejonowy w Nowym Sączu ogłosił upadłość Rafinerii Nafty Glimar SA, uzasadniając to niewypłacalnością spółki o charakterze trwałym. Natomiast w 2007 r. Grupa Lotos zdecydowała o wycofaniu się z uczestniczenia w procesie zakupu aktywów znajdującej się w stanie upadłości Rafinerii Glimar, przy czym spółka może nie odzyskać 90 mln zł środków włożonych w Glimar, podano w komunikacie.
Narastająco w I-III kw. 2008 roku Grupa Lotos miała 428,05 mln zł skonsolidowanego zysku netto przypisanego jednostce dominującej wobec 532,35 mln zł zysku rok wcześniej przy obrotach odpowiednio 12543,61 mln zł wobec 9144,67 mln zł.
