Kryzys w "Kommiersancie" rozwijał się stopniowo od poniedziałku, gdy ogłoszono, że z redakcji musieli odejść dwaj dziennikarze: korespondent specjalny Iwan Safronow i redaktor Maksim Iwanow. Powodem ich zwolnienia był - według samych zwolnionych - artykuł o możliwym odwołaniu Walentiny Matwijenko ze stanowiska szefowej wyższej izby parlamentu Rosji, Rady Federacji.
Media podawały, że zwolnienia dziennikarzy zażądał właściciel dziennika, oligarcha Aliszer Usmanow. Natomiast rzecznik biznesmena zapewnił, że Usmanow o zwolnieniu korespondentów dowiedział się z mediów i że jako akcjonariusz nie ingeruje w politykę redakcyjną.
Redaktor naczelny i prezes zarządu "Kommiersanta" zarzucili Safronowowi i Iwanowowi naruszenie standardów redakcyjnych. Natomiast pracownicy redakcji ogłosili, że akcjonariusze "niszczą jedno z najlepszych mediów w Rosji". Takie stwierdzenie znalazło się w oświadczeniu dziennikarzy "Kommiersanta", opublikowanym w poniedziałek wieczorem przez niezależne radio Echo Moskwy.
Zastępca redaktora naczelnego Gleb Czerkasow poinformował na swoim profilu na Facebooku, że dziennikarze działu polityki napisali podania o zwolnienie. Niektórzy z nich pracowali w "Kommiersancie" od początku lat 90. O swoim odejściu poinformował także sam Czerkasow.
Sporny artykuł o możliwym przejściu Matwijenko na inne stanowisko pojawił się w "Kommiersancie" 17 kwietnia. Autorzy powoływali się na źródła w strukturach państwowych. W materiale mowa była o tym, że Matwijenko może stanąć na czele Funduszu Emerytalnego Rosji. Kandydatem na jej następcę w Radzie Federacji miał być - według autorów artykułu - Siergiej Naryszkin, szef Służby Wywiadu Zagranicznego (SWR). W przeszłości był on przewodniczącym niższej izby parlamentu Rosji, Dumy Państwowej.
Do odejścia Matwijenko nie doszło; Kreml zapewnił, że sprawa ta nie jest omawiana w administracji (kancelarii) prezydenta Władimira Putina.
Tego samego dnia, gdy "Kommiersant" opublikował swój artykuł, niezależna telewizja Dożd podała, że na Kremlu toczą się dyskusje o możliwym odejściu Matwijenko.
Szefowa Rady Federacji z racji urzędu należy formalnie do "pierwszego garnituru" rosyjskich polityków. Matwijenko piastuje ten urząd od 2011 roku i jest pierwszą w Rosji kobietą na czele wyższej izby parlamentu.
Wcześniej, od 2003 roku, Matwijenko była gubernatorem Petersburga. W drugiej połowie lat 90. była wicepremierem Rosji, a następnie pełnomocnym przedstawicielem prezydenta FR w Północno-Zachodnim Okręgu Federalnym. W latach 1991-98 pracowała w MSZ Rosji; była m.in. ambasadorem na Malcie i w Grecji.
